L'École doctorale est coordonnée par un un Conseil scientifique, au sein duquel sont représentées toutes les universités partenaires.
Ce Conseil a choisi, pour assurer une meilleure visibilité des axes de recherches principaux de l'École doctorale, de regrouper les acteurs de la formation doctorale en modules. Chacun de ces modules fonctionne à l'image du Conseil, c'est-à-dire que toutes les universités partenaires sont représentées au sein de chaque module. En vue de faciliter la collaboration entre le Conseil et les modules, chaque module a désigné un porte-parole, qui participe activement aux réunions organisées plusieurs fois par an par le Conseil scientifique en vue de l'organisation de la formation commune.
La formation commune qui est donnée aux doctorants tient donc compte des modules, c'est-à-dire des axes de recherches principaux; elle peut être, selon le cas, spécifique à un module ou partagée par plusieurs modules, voire par l'ensemble des modules.
